Når man ser tilbage på mere end tusind års historie, kan det være vanskeligt klart at adskille myte fra sandsynlig historisk virkelighed. Ninjaens oprindelse er ikke dokumenteret i form af ét grundlæggende værk, én grundlægger eller et præcist tidspunkt. I stedet er ninjutsu vokset frem over tid som et resultat af kulturel, militær og  filosofisk påvirkning.

Ifølge folkelige fortællinger og overleveringer skulle ninjaens rødder kunne spores til mytiske væsener som tengu – bjergånder, ofte beskrevet som halv menneske og halv fugl, der symboliserede overmenneskelige evner, indsigt og forbindelse til naturens kræfter. Disse fortællinger hører til den kulturelle og symbolske forståelse af ninjaen, men betragtes i dag som mytologi snarere end historisk forklaring.

En mere sandsynlig historisk baggrund

En mere sandsynlig forklaring på ninjutsuens opståen kan findes i historiske skrifter og indirekte kilder, som peger på tiden omkring Tang-dynastiets fald i Kina omkring år 900. I forbindelse med de politiske omvæltninger flygtede militære ledere, strateger og lærde fra Kina. Nogle søgte mod Japan, hvor deres viden fandt nye former og anvendelser.

Disse militære traditioner blev ikke blot kopieret, men blandet med eksisterende japanske tankesæt og metoder. Resultatet blev en praktisk tilgang til konflikt, overlevelse og strategi, som adskilte sig markant fra den formelle samurai-kultur.

Filosofi, mystik og kropslig udvikling

Parallelt med de militære strømninger fandt også kinesisk og tibetansk inspireret mystik vej til Japan. Omkring det 11. århundrede slog asketer, munke og eremitter sig ned i utilgængelige skov- og bjergområder – særligt på Kii-halvøen. Her udviklede de systemer for kropslig disciplin, åndedræt, opmærksomhed og mental træning, baseret på kosmologiske og filosofiske forståelser af mennesket og naturen.

Disse lærdomme blev optaget og videreført af japanske bjergasketer som yamabushi, sennin og gyoja. Over tid smeltede disse indsigter sammen med militær kunnen og praktiske færdigheder og blev en integreret del af det, der senere blev kendt som ninjutsu.

Ninjutsu som metode – ikke som institution

I modsætning til mange andre østlige kampkunster blev ninjutsu aldrig grundlagt som et samlet system på ét bestemt tidspunkt. Det opstod gradvist som en utraditionel tilgang til konfliktløsning, overlevelse og informationsindsamling – ofte i opposition til datidens politiske og sociale strukturer.

Et ofte fremhævet eksempel er Togakure-traditionen, som ifølge overleveringen blev udviklet af Daisuke Togakure i det 12. århundrede. Efter at have mistet sin status som samurai trak han sig tilbage til bjergene i området omkring Iga, hvor han studerede og videreudviklede en mere fleksibel og overlevelsesbaseret tilgang til kamp, bevægelse og bevidsthed.

Det var først flere generationer senere, at disse metoder blev formaliseret og videreført som selvstændige traditioner.

Iga- og Kōga-traditionerne

Mange ninjutsu-traditioner voksede frem i de bjergrige egne på det centrale og sydlige Honshu. Blandt de mest kendte er traditionerne fra Iga- og Kōga-områderne. Her udviklede familier og klaner deres egne metoder, som blev tilpasset lokale forhold, behov og erfaringer.

Disse traditioner var ikke ens, men delte et fælles fokus på tilpasningsevne, diskretion, praktisk kunnen og forståelse for menneskelig adfærd – kvaliteter, som fortsat udgør kernen i ninjutsu.